Según la ley 100 se debe garantizar la prestación de servicios de salud para todos los grupos poblacionales. Sin embargo, dadas las condiciones de pertenencia a un régimen, la organización del sistema de prestación se constituye de manera diferente. Para la población afiliada al régimen subsidiado, la organización para la atención de la salud Incluye un mecanismo de aseguramiento a través de las Administradoras de Régimen Subsidiado, ARS, hoy EPS-S quienes median entre los usuarios que necesitan servicios y las Instituciones Prestadoras de Servicios, IPS, que los proveen. Para el grupo de participantes vinculados  a la organización para la prestación de los servicios es algo distinto a la que ocurre por la vía del aseguramiento; los usuarios demandan los servicios directamente a las instituciones públicas o a aquellas de naturaleza privada con las que la Secretaria tiene contrato (Secretaría distrital de salud, 2009).

En este contexto se identifican dos formas de organización y funcionamiento del sistema para la oferta de servicios para la población. Una que podría ser considerada formal, que refleja la actual configuración del sistema de seguridad social, dirigida a los afiliados, y otra, no formal y transitoria, que conserva el diseño del anterior sistema de salud basada en el subsidio a la oferta, dirigida a los participantes vinculados (Ministerio de la protección social, 1993).

La organización formal del sistema integra varios subsistemas: los usuarios afiliados al régimen subsidiado y el sistema de prestación de servicios de salud, conformado por los aseguradores y prestadores. La garantía del acceso a los servicios de salud se determina a partir de la interacción entre cada subsistema y las relaciones que entre ellos se establecen. La organización transitoria por su parte, incluye fundamentalmente las relaciones entre el subsistema de usuarios vinculados y el de prestadores Ministerio de la protección social, 1993).

Las EPS-S como entidades aseguradoras del régimen subsidiado tienen la función de garantizar la prestación de los servicios incluidos en el Plan Obligatorio de Salud Subsidiado, directa o indirectamente a través de una red de prestadores. Por ser un elemento nuevo dentro del sistema de salud se constituyen en uno de los pilares fundamentales del modelo de aseguramiento instaurado para la población pobre y vulnerable. Como gestoras del aseguramiento, son las encargadas de la afiliación de los beneficiarios del régimen mediante procesos de mercadeo, debiendo intermediar y canalizar el acceso a los servicios contratados con la red de prestadores y encargándose de la administración de los recursos financieros del régimen. De acuerdo con su razón social, su origen y la forma como se organizan, se constituyen tres tipos de administradoras: las cajas de compensación familiar, CCF, las empresas solidarias de salud, ESS y las empresas promotoras de salud, EPS, públicas o privadas (Ministerio de la Protección Social, 1993).